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L’agence de l’eau aide financièrement et techniquement les actions d’intérêt général au service de l’eau et de l’environnement du bassin : la lutte contre la pollution des eaux, la protection et la restauration des ressources en eau (rivières, plans d’eau, nappes, eaux littorales) et des milieux aquatiques. Ces actions sont financées par les redevances payées par les usagers de l’eau du bassin. L’agence de l’eau exerce sa mission dans le cadre de programmes d’intervention pluri-annuels préparés et validés par le comité de bassin et encadré par le Parlement.

Loire nature constitue l’un des plus gros programmes de restauration d’un fleuve jamais engagé. Son objectif principal est d’assurer, sur des sites exemplaires et pilotes, la préservation et la gestion durable des écosystèmes ligériens (tourbières, gorges, forêts alluviales, boires) afin de maintenir leurs différentes fonctions écologiques : biodiversité, ressource en eau, zones d’expansion des crues...

L'association ESTUARIUM s'est installée en 1996 à Cordemais, au cœur même de l' estuaire, à mi-chemin entre Nantes et Saint-Nazaire. Elle est chargée de la mise en oeuvre d'un programme de recherche action destiné à la définition d'une identité estuarienne par la valorisation des richesses patrimoniales du territoire : - Production de la connaissance : recherche et études ; - Diffusion de la connaissance : action culturelle et pédagogique ; - Valorisation de la connaisance : expertise et assistance à maîtrise d'ouvrage.